Aplicación de marcadores de ADN para análisis de diversidad genética de la especie Daphne gnidium en poblaciones costeras atlánticas de Galicia

Abstract

[ESP] El presente trabajo fin de grado (TFG) se centra en la aplicación de marcadores de ADN para evaluar la diversidad y diferenciación genética de la especie Daphne gnidium en áreas costeras insulares protegidas del Parque Nacional Illas Atlánticas y áreas continentales atlánticas de Galicia (Rías Baixas), donde no existen datos genéticos previos. Daphne gnidium (familia Thymelaeaceae), es un arbusto perenne con interés medicinal y de conservación, principalmente distribuida en el Mediterráneo. Ante la ausencia de marcadores específicos de ADN para esta especie, el análisis poblacional se abordó mediante la puesta a punto de un panel de marcadores microsatélite, previamente descritos en la especie congenérica D. rodriguezii, y a través del estudio de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) obtenidos por tecnologías de genotipado. En las áreas de estudio se recolectaron muestras foliares de aproximadamente 20 plantas por localidad. Se realizó la extracción de ADN y la amplificación cruzada de 9 loci microsatélite aislados en D. rodriguezii, optimizando las condiciones de amplificación multiplex, aunque con baja tasa final de loci informativos. Además, se realizó la caracterización de un panel de marcadores de tipo SNP generados mediante análisis genómicos en D. gnidium. Los marcadores seleccionados se analizaron para evaluar los niveles de diversidad y diferenciación genética entre las poblaciones continentales e insulares. Los resultados mostraron una distribución heterogénea de la diversidad, con mayores valores en algunas localidades respecto a otras menos variables, sugiriendo efectos de aislamiento y deriva genética. El análisis de SNPs indicó una mayor diferenciación interpoblacional y estructuración diferenciando dos grupos de localidades insulares en relación al área continental. Estos resultados permitieron obtener por primera vez datos sobre la diversidad y estructura genética de D. gnidium en las localidades estudiadas, proporcionando información útil para su conservación y gestión, en el marco de un programa de restauración de hábitats insulares atlánticos.[GAL] O presente traballo de fin de grado (TFG) céntrase na aplicación de marcadores de ADN para avaliar a diversidade e diferenciación xenética da especie Daphne gnidium en áreas costeiras illeiras protexidas do Parque Nacional Illas Atlánticas e áreas continentais atlánticas de Galicia (Rías Baixas), onde non existen datos xenéticos previos. Daphne gnidium (familia Thymelaeaceae) é un arbusto perenne con interese medicinal e de conservación, principalmente distribuído no Mediterráneo. Ante a ausencia de marcadores específicos de ADN para esta especie, a análise poboacional abordouse mediante a posta a punto dun panel de marcadores microsatélite, previamente descritos na especie conxénere D. rodriguezii, e a través do estudo de polimorfismos dun só nucleótido (SNPs) obtidos por tecnoloxías de xenotipado. Nas áreas de estudo recolléronse mostras foliares de aproximadamente 20 plantas por localidade. Realizouse a extracción de ADN e a amplificación cruzada de 9 loci microsatélite illados en D. rodriguezii, optimizando as condicións de amplificación multiplex, aínda que cunha baixa taxa final de loci informativos. Ademais, realizouse a caracterización dun panel de marcadores de tipo SNP xerados mediante análises xenómicas en D. gnidium. Os marcadores seleccionados analizáronse para avaliar os niveis de diversidade e diferenciación xenética entre as poboacións continentais e illeiras. Os resultados mostraron unha distribución heteroxénea da diversidade, con maiores valores nalgúns lugares respecto a outros menos variables, suxirindo efectos de illamento e deriva xenética. A análise de SNPs indicou unha maior diferenciación interpoblacional e estruturación que diferenciaba dous grupos de lugares illeiros en relación á área continental. Estes resultados permitiron obter por primeira vez datos sobre a diversidade e estrutura xenética de D. gnidium nos lugares estudados, proporcionando información útil para a súa conservación e xestión, no marco dun programa de restauración de hábitats atlánticos illeiros.[ENG] The present bachelor's thesis (TFG) focuses on the application of DNA markers to evaluate the genetic diversity and differentiation of the species Daphne gnidium in the protected coastal insular areas of the Atlantic Islands National Park and the Atlantic continental areas of Galicia (Rías Baixas), where there are no previous genetic data. Daphne gnidium (Thymelaeaceae family), is a perennial shrub with medicinal and conservation interest, mainly distributed in the Mediterranean region. Due to the absence of specific DNA markers for this species, the population analysis was approached by developing a panel of microsatellite markers, previously described in the congeneric species D. rodriguezii, and through the study of single nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained using genotyping technologies. Leaf samples were collected from approximately 20 plants per locality in the study areas. DNA extraction and cross-amplification of 9 microsatellite loci isolated in D. rodriguezii were performed, optimizing the multiplex amplification conditions, although with a low final rate of informative loci. Additionally, a panel of SNP-type markers generated through genomic analyses in D. gnidium was characterized. The selected markers were analyzed to evaluate the levels of genetic diversity and differentiation between the continental and insular populations. The results showed a heterogeneous distribution of diversity, with higher values in some localities compared to others with less variability, suggesting effects of isolation and genetic drift. The SNP analysis indicated a greater interpopulation differentiation and structuring, differentiating two groups of insular localities in relation to the continental area. These results allowed obtaining, for the first time, data on the genetic diversity and structure of D. gnidium in the studied localities, providing useful information for its conservation and management, within the framework of a restoration program for Atlantic insular habitats.