Caracterización molecular de Escherichia coli bacteriémicos pertenecientes a los serogrupos O25 y O15

Abstract

[ESP] Escherichia coli es uno de los patógenos más prevalentes causantes de infecciones extraintestinales a nivel mundial. En este trabajo llevamos a cabo una caracterización fenotípica (serotipado y antibiograma) y molecular (PCR convencional y secuenciación sanger) de 48 cepas de E. coli pertenecientes a los serogrupos O15 y O25, procedentes de una colección de 348 cepas de E. coli aisladas de bacteriemias de pacientes del Hospital Lucus Augusti (HULA) durante los años 2020 a 2022. Se determinaron los grupos filogenéticos y los perfiles de virulencia y resistencia de las cepas. Además, estudiamos la estructura clonal de las cepas pertenecientes a la secuencia tipo ST131. Los serogrupos estudiados se encuentran entre los más prevalentes causantes de bacteriemias en el área sanitaria de Lugo; aunque las cepas de E. coli del serogrupo O25 presentan una mayor frecuencia que las O15 (10% vs 4%). Además, las cepas O25 expresan un mayor número de resistencias a los antimicrobianos que las O15 y, aunque en ambos grupos encontramos cepas MDR, la totalidad de las ESBL son O25, representando un 35% de las cepas. Un 81% de las cepas se clasificaron como ExPEC, un 71% como UPEC y un 29% como APEC y se observó una correlación entre los serogrupos, filogrupos y los genes de virulencia estudiados. Así también, se detectaron 27 cepas ST131 bacteriémicas, destacando la predominancia del clado C y el subclado C2, y la presencia de 4 cepas pertenecientes al subclado emergente C1-M27. Además, describimos clones de ST131 atípicos asociados a los alelos fimH16, 27 y 260. En este contexto, una vacuna profiláctica dirigida a los serotipos O prevalentes podría ser un método preventivo útil contra infecciones causadas por ExPEC, pero, teniendo en cuenta las variaciones epidemiológicas existentes a nivel global, debería adaptarse a la epidemiología local para poder garantizar una cobertura óptima.[GAL] Escherichia coli é un dos patóxenos máis prevalentes causantes de infeccións extraintestinais a nivel mundial. Neste traballo lévase a cabo unha caracterización fenotípica (serotipado e antibiograma) e molecular (PCR convencional e secuenciación sanger) de 48 cepas de E. coli pertencentes aos serogrupos O15 e O25, procedentes dunha colección de 348 cepas de E. coli illadas de bacteriemias de pacientes do Hospital Lucus Augusti (HULA) durante os anos 2020 a 2022. Determináronse os grupos filoxenéticos e os perfís de virulencia e resistencia das cepas. Ademais, estudamos a estrutura clonal das cepas pertencentes á secuencia tipo ST131. Os serogrupos estudados atópanse entre os máis prevalentes causantes de bacteriemias na área sanitaria de Lugo; aínda que as cepas de E. coli do serogrupo O25 presentan unha maior frecuencia que as O15 (10% vs 4%). Ademais, as cepas O25 expresan un maior número de resistencias aos antimicrobianos que as O15 e, aínda que en ambos os grupos atopamos cepas MDR, a totalidade das ESBL son O25, representando un 35% das cepas. Un 81% das cepas clasificáronse como ExPEC, un 71% como UPEC e un 29% como APEC e observouse unha correlación entre os serogrupos, filogrupos e os xenes de virulencia estudados. Así tamén, detectáronse 27 cepas ST131 bacteriémicas, destacando a predominancia do clado C e o subclado C2, e a presenza de 4 cepas pertencentes ao subclado emerxente C1-M27. Ademais, describimos clons de ST131 atípicos asociados aos alelos fimH16, 27 e 260. Neste contexto, unha vacina profiláctica dirixida aos serotipos O prevalentes podería ser un método preventivo útil contra infeccións causadas por ExPEC, pero, tendo en conta as variacións epidemiolóxicas existentes a nivel global, debería adaptarse á epidemioloxía local para poder garantir unha cobertura óptima.[ENG] Escherichia coli is one of the most prevalent pathogens causing extraintestinal infections worldwide. In this work, we carried out a phenotypic (serotyping and antibiogram) and molecular (conventional PCR and sanger sequencing) characterization of 48 E. coli strains belonging to serogroups O15 and O25, from a collection of 348 E. coli strains isolated from bacteremia from patients at the Lucus Augusti Hospital (HULA) during the years 2020 to 2022. The phylogenetic groups and virulence and resistance profiles of the strains were determined. In addition, we studied the clonal structure of the strains belonging to the ST131 type sequence. The serogroups studied are among the most prevalent causes of bacteremia in the health area of Lugo; although E. coli strains of serogroup O25 have a higher frequency than O15 (10% vs 4%). In addition, O25 strains express a greater number of antimicrobial resistances than O15 strains and, although in both groups we find MDR strains, all ESBLs are O25, representing 35% of the strains. 81% of the strains were classified as ExPEC, 71% as UPEC and 29% as APEC, and a correlation was observed between the serogroups, phyllogroups and virulence genes studied. Likewise, 27 bacteremic ST131 strains were detected, highlighting the predominance of clade C and subclade C2, and the presence of 4 strains belonging to the emerging subclade C1-M27. In addition, we describe atypical ST131 clones associated with the fimH16, 27 and 260 alleles. In this context, a prophylactic vaccine targeting prevalent O serotypes could be a useful preventive method against infections caused by ExPEC, but, taking into account the existing epidemiological variations at the global level, it should be adapted to the local epidemiology in order to ensure optimal coverage.