Base xenética da resistencia a perkinsosis en ameixa xaponesa (Ruditapes phillipinarum)

Abstract

[ESP] Este estudio intenta comprender los componentes genómicos asociados a la resistencia a Perkinsus olseni en poblaciones de almeja japónica (Ruditapes philippinarum). Para ello, se estableció una población genéticamente heterogénea compuesta por 1000 individuos y se sometió a un desafío controlado con el parásito protozoario. La respuesta de las almejas fue evaluada, posteriormente, mediante la estimación precisa de la carga parasitaria de cada individuo mediante qPCR donde se observó una correlación entre el tamaño de la almeja y el nivel de infección. Simultáneamente, los individuos retados fueron genotipados utilizando un chip de SNPs Axiom multiespecie desarrollado por el grupo ACUIGEN, que incluye 8019 SNPs de almeja japónica. Esta información fue utilizada para realizar la asignación familiar de los individuos utilizando un programa informático de asignación paternal denominado FAP, concretamente 31 familias fueron determinadas a partir de cruces entre 1 macho x 1 hembra. Posteriormente, a través de un estudio de asociación de genoma completo, se identificaron marcadores genéticos asociados a la resistencia a P. olseni, y se investigó, mediante minería genética, las regiones genómicas próximas asociadas con la resistencia/tolerancia al parásito. Concretamente, se identificaron tres genes posiblemente relacionados con fenotipos asociados a la resistencia a este parásito intracelular: RPHI1A040444, RPHI1A016912 y RPHI1A020365; los dos primeros tienen asociados términos GO relacionados con la integridad de la membrana plasmática y transporte transmembrana y el último, términos Go vinculados a procesos proteolíticos. Como resultado de la identificación de estos QTLs, genes y variantes alélicas potencialmente responsables de esta resistencia, se pretende ofrecer un punto de partida para el desarrollo de estrategias de cría selectiva en almeja japónica.[GAL] Este estudo intenta comprender os compoñentes xenómicos asociados á resistencia a Perkinsus olseni en poboacións de ameixa xapónica (Ruditapes philippinarum). Para iso, estableceuse unha poboación xeneticamente heteroxénea composta por 1000 individuos e someteuse a un desafío controlado co parásito protozoario. A resposta das ameixas foi avaliada, posteriormente, mediante a estimación precisa da carga parasitaria de cada individuo mediante qPCR e se observou unha correlación entre o tamaño da ameixa e o nivel de infección. Simultaneamente, os individuos retados foron xenotipados utilizando un chip de SNPs Axiom multiespecie desenvolvido polo grupo ACUIGEN, que inclúe 8019 SNPs de ameixa xapónica. Esta información foi utilizada para realizar a asignación familiar dos individuos utilizando un programa informático de asignación paternal denominado FAP, concretamente 31 familias foron determinadas a partir de cruces entre 1 macho x 1 femia. Posteriormente, a través dun estudo de asociación de xenoma completo, identificáronse marcadores xenéticos asociados á resistencia a P. olseni, e investigouse, mediante minería xenética, as rexións xenómicas próximas asociadas coa resistencia/tolerancia ao parásito. Concretamente, identificáronse tres xenes posiblemente relacionados con fenotipos asociados á resistencia a este parásito intracelular: RPHI1A040444, RPHI1A016912 e RPHI1A020365; os dous primeiros teñen asociados termos GO relacionados coa integridade da membrana plasmática e transporte transmembrana e o último, termos Go vinculados a procesos proteolíticos. Como resultado da identificación destes QTLs, xenes e variantes alélicas potencialmente responsables desta resistencia, preténdese ofrecer un punto de partida para o desenvolvemento de estratexias de cría selectiva en ameixa xapónica.[ENG] This study aims to understand the genomic components associated with the resistance to Perkinsus olseni in japanese clam (Ruditapes philippinarum) populations. For this purpose, a genetically heterogeneous population of 1000 individuals was established and subjected to a controlled challenge with the protozoan parasite. The response of the clams was subsequently assessed by accurately estimating the parasite load of each individual by qPCR where a correlation between clam size and level of infection was observed. Simultaneously, challenged individuals were genotyped using a multispecies Axiom SNP-chip developed by the ACUIGEN group, which includes 8019 japanese clam SNPs. This information was used to perform the family assignment of individuals using a paternal assignment software called FAP, specifically 31 families were determined from crosses between 1 male x 1 female. Subsequently, through a genome-wide association study, genetic markers associated with resistance to P. olseni were identified and nearby genomic regions associated with resistance/tolerance to the parasite were investigated by genetic mining. Specifically, three genes possibly related to phenotypes associated with resistance to this intracellular parasite wereç identified: RPHI1A040444, RPHI1A016912 and RPHI1A020365, the first two of which have associated GO with plasma membrane integrity and transmembrane transport and the last one, Go terms linked to proteolytic processes. As a result of the identification of these QTLs, genes and allelic variants potentially responsible for this resistance, it is intended to provide a starting point for the development of selective breeding strategies in japanese clams.